噴霧干燥機都是需要清洗的，因為為了物料的不交叉感染，在干燥完一種物料之后都是需要清洗的，這是必要步驟。
如果干燥器進料系統停機進行清潔，則會導致干燥器停機，從而減少生產月份的可用時間。在食品或乳制品廠中，噴霧干燥器的進料系統通常必須每天洗滌或CIP。通常在產品，批次和產品之間切換必須分開。一個熱門的問題是處理變應原類和過敏原類之間的清潔。
例如，是否需要從噴霧干燥器中取出噴槍并將它們連接起來以便盡可能有效地進行清潔？經過壓力測試并準備安裝的第二套Lacks噴槍將使操作員不必兩次覆蓋相同的地面。
已經有使用具有兩個進料系統的噴霧干燥器的趨勢，每個進料系統可以100％的容量運行。雖然這種方法對噴嘴霧化系統特別有效，但它也可為旋轉霧化系統提供優勢。如果進料系統CIP要求噴霧干燥器每天或每周停機幾小時，則可以使用雙進料系統重新獲得這些小時數。蒸餾儀
雙饋系統可以以兩種方式使用。首先，最簡單的是，進料系統的精確復制品，無論是旋轉式還是噴嘴式，都可以構建到與霧化器連接的位置。
當進料系統1在批次結束時關閉時，噴嘴或旋轉霧化器被移除以進行清潔。立即安裝清潔噴嘴噴槍或干凈的旋轉霧化器并連接到進料系統2，之后噴霧干燥器重新投入運行。系統1可在方便時清潔。在此過程中，CIP不會干擾生產。
